Software-engineer voor medische sequentiebepaling van de volgende generatie

De Genomics Core is een servicefaciliteit van zowel de KU Leuven als UZ Leuven. We richten ons op het implementeren van nieuwe NGS-technologieën en deze bruikbaar te maken voor academisch en commercieel onderzoek en voor gebruik in diagnostiek. Ons team bestaat uit 21 medewerkers met wisselende expertise in zowel het lab als bio-informatica.

We zijn op zoek naar een software-engineer die haar/zijn vaardigheden wil gebruiken om een verschil te maken in het leven van patiënten. Je krijgt de leiding over een ingrijpende revisie van hoe we onze data aanleveren aan klinische groepen. Deze revisie richt zich op de programmeer- en informatica-aspecten van de pijplijn en is bedoeld om meer informatie te extraheren voor de klinische interpretatie van NGS-gegevens. Jouw taak zal zich concentreren op drie aspecten: (1) onze huidige pijplijn transformeren naar een op Nextflow gebaseerde pijplijn die het gemakkelijker maakt om te profiteren van parallelle cloud computing, (2) een variantdatabase bouwen en integreren en deze integreren met bestaande NGS-pijplijnen en (3) ) het bouwen van een interface voor data annotatie, visualisatie en interpretatie.

Wat je functie inhoudt

• Je bouwt onze Genomics Core Analysis Pipeline (GCAP) om tot een op Nextflow gebaseerde pijplijn terwijl je de code optimaliseert.
• Als full-stack developer ontwikkel je en breidt een variant-gecentreerde database uit voor gebruik bij gegevensanalyse en met patiëntinformatie om de interpretatie van klinische gegevens te vergemakkelijken.
• Je integreert de nieuwe database in de GCAP-pijplijn van Nextflow, gericht op de NGS-pijplijn voor klinische tumoren.
• Je neemt actief deel aan softwarecode- en ontwerp reviews.
• Je verzorgt op regelmatige basis de communicatie omtrent je prestaties en voortgang aan je teamleden en het management.
• Je werkt nauw samen met je 9 andere Bio-IT- en IT-collega’s, en met de andere leden van de Genomics Core. Je hebt ook interactie met collega’s van het Centrum voor Menselijke Erfelijkheid (CME) en de dienst IT van UZ Leuven.

• Je hebt een Master in Computer Science of vergelijkbaar door werkervaring.
• Je hebt ervaring met het bouwen en onderhouden van databases.
• Ervaring met het bouwen van pijpleidingen van Nextflow is een pluspunt.
• Ervaring met cloudtechnologieën zoals Google Cloud en Docker is een plus.
• Je bent een programmeur die pijplijnen voor data-analyse kan ontwikkelen en onderhouden.
• Je bent in staat complexe databases te bespreken, ontwerpen, ontwikkelen en onderhouden.
• Je bent een pragmatische zelfstarter die proactief, gemotiveerd, teamgericht is en een sterke arbeidsethos heeft.
• Je toont intellectuele nieuwsgierigheid, een sterk analytische zin en een snel leervermogen.
• Je wil je vaardigheden op het gebied van softwareontwikkeling toepassen in een gebied dat mensen ten goede zal komen door betere diagnoses te kunnen stellen.
• Je blijft graag op de hoogte van ontwikkelingen in bio-informatica, computationele of industriële trends, en volgt producten en nieuwe projecten op.
• Goede mondelinge en schriftelijke communicatie en goed onderbouwde probleemoplossende vaardigheden zijn competenties die je bezit.
• Aantoonbare vaardigheden in projectmanagement en formele technieken voor continue procesverbetering strekken tot aanbeveling.

Wat wij bieden

• De Genomics Core biedt een professionele multidisciplinaire werkomgeving met opwindende ontwikkelingen in NGS-technologie en analyse.
• Je loopt voorop in de ontwikkelingen op het gebied van gezondheidszorg en onderzoek; je helpt de grenzen van het diagnosticeren van patiënten te verleggen.
• Veel ruimte om je vaardigheden te ontwikkelen en in interactie te gaan met je collega’s.
• De kans om een verschil te maken voor het leven van patiënten en om onderzoek te stimuleren.
• Een voltijds contract bij UZ Leuven met tal van voordelen waaronder een groeps- en hospitalisatieverzekering, gratis openbaar vervoer of tussenkomt in het woon/werk verkeer, extra verlof- en feestdagen en on-campus personeelsrestaurant.

Interesse

• Solliciteer vandaag nog op deze vacature door het online sollicitatieformulier in te vullen en jouw CV toe te voegen.
• Voor meer informatie kan je terecht bij Rekrutering en Selectie van UZ Leuven via tel. 016 / 34 49 77.
• Wil je meer informatie over het werken binnen het ziekenhuis, de sollicitatieprocedure of UZ Leuven als werkgever? Neem dan zeker een kijkje op onze .